Наступила перестройка, и у Ходорковского появилась возможность воплотить в жизнь все свои идеи, которые он долго вынашивал. В 1987 году он организует центр научн6о-техьничекого творчества молодежи. Главной задачей Центра была разработка и внедрение в производство новых технологий. Дела центра шли очень хорошо и приносили очень неплохие деньги. В это же время Михаил Борисович поступает в Плехановском институте народного хозяйства.

Средства, полученные от работы Центра, Ходорковский вкладывает в организацию первого коммерческого банка в России – «Менатеп». В период перестройки и в последующее время коммерческие и государственные предприятия очень часто пользовались услугами банков, а конкретно, брали довольно крупные кредиты. Именно на это и поставил предприимчивый бизнесмен.

Вскоре коммерческий банк «Менатеп» превратился в межбанковское объединение, господин Ходорковский стал его генеральным директором, коим и являлся до 1996 года. В 1992 году совет директоров «Менатепа» решил, что банковское дело не приносит желаемой прибыли, таким образом, появилась целая череда промышленных акционерных обществ, которые занимались производством минеральных удобрений, добычей и обработкой древесины, переплавкой меди и так далее. К 1995 году появилось около десяти таких предприятий.

В 1995 году на открытом аукционе были выставлены акции нефтяной компании «ЮКОС». Казна страны срочно нуждалась в средствах, а внутри самой компании назревал крупный кризис, таким образом, продажа крупного пакета акций спасло бы положение, как компании, так и помогла бы казне. Никто, кроме компании Менатеп не захотел приобрести пакет акций ЮКОСа, который был близок к банкротству. В результате, Менатеп завладел 78% акций нефтяной компании. В течение шести с небольшим лет Михаил Борисович пытался вернуть к жизни купленную компанию, у которой долгов было гораздо больше, чем она стоила. И ему это удалось, уже в начале двадцать первого века ЮКОС стала ведущей нефтяной компанией не только России, но и мира.        

В 2001 году Михаил Ходорковский создает благотворительный фонд «Открытая Россия». Целью работы фонда стала поддержка молодежи, развитие новых технологий, внедрение новых идей в области культуры, образования и науки. Но работа «Открытой России» значительно затормозилась в 2003 году. Учредителя фонда арестовывают и предъявляют обвинение в мошенничестве, хищении, нарушении процедуры приватизации и так далее. 31 мая 2005 года Ходорковский услышал свой приговор, который предполагал 9 лет тюремного заключения. Осенью того же года суд решил снизить срок до восьми лет. В настоящее время Михаил Ходорковский находится в заключении.