В 1974-1979 годах В. Ю. Алекперов поднялся по карьерной лестнице с оператора по добыче нефти и газа до заместителя начальника нефтепромысла. В 1979-1980 годах он был начальником нефтепромысла N 2 НГДУ «Федоровскнефть», в 1980-1982 годах –начальником Центральной инженерно-технологической службы НГДУ «Холмогорнефть» ПО «Сургутнефтегаз» (поселок Ноябрьск Пуровского района Тюменской области), в 1981-1983 годах – главным инженером, заместителем начальника НГДУ «Лянторнефть» ПО «Сургутнефтегаз» (поселок Лянтор Сургутского района Тюменской области).

В 1983-1985 годах В. Ю. Алекперов работал начальником НГДУ «Повхнефть» ПО «Сургутнефтегаз» (поселок Когалым Сургутского района Тюменской области). С 1985 по 1987 года был первым заместителем генерального директора ПО «Башнефть» по Западной Сибири. В 1987-1990 годах работал генеральным директором производственного объединения «Когалымнефтегаз» (город Когалым). В 1990-1991 годах – заместителем, первым заместителем министра нефтяной и газовой промышленности СССР.

В 1991 году В. Ю. Алекперов стал президентом нефтяного концерна «Лангепас-Урай-Когалымнефть». 5 апреля 1993 года на основании указа президента Б.Н. Ельцина государственный концерн «Лангепас-Урай-Кагалым-нефть» был преобразован в акционерное общество «Нефтяная компания «ЛУКойл». В 1995 году В. Ю. Алекперов был избран председателем совета директоров банка Империал, в 1998 году – председателем наблюдательного совета банка. В 1998-2000 годах он был председателем совета директоров банка Петрокоммерц.

В январе 2000 года В. Ю. Алекперов был освобожден от исполнения обязанностей председателя совета директоров компании «ЛУКОЙЛ» и назначен председателем совета директоров ОАО «РИТЭК». С 2001 года по настоящее время он является председателем правления НТЦ НК «ЛУКОЙЛ».

В. Ю. Алекперов является автором монографий «Вертикально-интегрированные нефтяные компании России: методология формирования и реализации» (М., 1996), «Нефть России. Взгляд топ-менеджера» (М., 2001). Он награжден орденами «Дружбы» и «Знак Почета», медалью «За освоение недр и развитие нефтегазового комплекса Западной Сибири», удостоен высшей награды Азербайджанской Республики – ордена «Славы». Награжден также орденами Святого Преподобного Сергия Радонежского и Святого Благоверного Князя Даниила Московского.

Состояние В. Ю. Алекперова оценивается в 12,4 миллиарда долларов. В списке ста богатейших людей планеты он занимает 48 место (рейтинг журнала Forbes, 2007 год). По данным газеты «Коммперсантъ», по контракту с ОАО «ЛУКОЙЛ» В. Ю. Алекперов ежегодно зарабатывает 1,5 миллиона долларов и имеет право на ежегодную премию в размере полутора годовых окладов (2,225 миллиона долларов), если компания под его руководством достигнет определенных задач, установленных ежегодным планом по прибыли, добыче нефти и росту нефтяных резервов.