1959-1960 - работал слесарем комбината «Североникель» в городе Мончегорске. С 1965 по 1966 проходил службу в Советской Армии. В 1967—1970 годах занимал должность управляющего отделением, заместителя директора совхоза «Красная славянка» Гатчинского района Ленинградской области. С 1970 по 1981 директор совхоза «Раздолье», с 1981 по 1985 - генеральный директор сельскохозяйственного производственного объединения «Первомайское» Приозерского района Ленинградской области. 1985-1986 - председатель исполкома Приозерского городского Совета народных депутатов. 1986-1987 - первый секретарь Приозерского горкома КПСС. 1987-1989 - заведующий отделом сельского хозяйства и пищевой промышленности, заведующий аграрным отделом Ленинградского обкома КПСС.

1989-1991 - первый заместитель председателя исполкома Ленинградского областного Совета народных депутатов. 1992-1993 - первый заместитель председателя Комитета по внешним связям Мэрии города Санкт-Петербурга. 1993-1998 - заместитель руководителя Государственной налоговой службы РФ - начальник Государственной налоговой инспекции по городу Санкт-Петербургу. 1998-1999 - руководитель Управления Министерства РФ по налогам и сборам по городу Санкт-Петербургу. Июль 1999 года - октябрь 2001 года - заместитель министра РФ по налогам и сборам. Заслуженный экономист РФ (2001).

В 2001 году Виктор Зубков возглавил комитет по финансовому мониторингу (КФМ) и стал заместителем министра финансов. Аппарат составляет около 300 человек и имеет своих представителей в каждом федеральном округе.

В сентябре 2007 года после добровольной отставки председателя правительства Михаила Фрадкова президент В.В.Путин выдвинул кандидатуру Зубкова на этот пост. 14 сентября большинство депутатов Государственной Думы (381 человек из 436 участвовавших в голосовании) проголосовало за кандидатуру Зубкова, и он занял должность премьер-министра страны.