В 1974-1992 годах был ассистентом, старшим преподавателем, доцентом, профессором, заведующим кафедрой Московского станкоинструментального института, с 1992 года работал в аппарате Президента РФ, был экспертом, заместителем руководителя Аналитического центра по общей политике при Администрации Президента РФ. С февраля 1993 года является постоянным членом Президентского совета, с марта 1994 года – руководителем группы экспертов Президента РФ. Член Экспертно-аналитического совета при Президенте РФ.

В 1994 году входил в Государственную комиссию по расследованию причин резкой дестабилизации финансового рынка («черный вторник»), в ноябре 1994 года был назначен помощником Президента РФ по экономическим вопросам. В августе 1996 года был назначен министром финансов РФ, заместителем председателя Правительства РФ. С марта 1997 года был заместителем руководителя Администрации Президента по экономическому блоку проблем, подал в отставку и был освобожден от должности в августе 1998 года.

С июня 1999 года по май 2000 года был министром РФ, представителем Президента РФ по делам ведущих индустриальных государств и связям с представителями лидеров стран, входящих в группу «большой восьмерки», а также председателем Межведомственной комиссии по участию РФ в «восьмерке». В 1996-1997 годах был заместителем управляющего от РФ в Международном валютном фонде, представителем Президента в Национальном банковском совете, членом Совета Безопасности РФ, сопредседателем фонда Экономического форума регионов «За устойчивое развитие».

В январе 1999 года основал и возглавил фонд «Экономическая политика» (прогнозирование развития экономической ситуации и экономической политики России). С июня 2000 года по май 2001 года был председателем правления банка «Российский кредит», ушел в отставку по собственной просьбе. С июня 2000 года – советник Председателя Правительства РФ по экономическим вопросам (на внештатной основе). В июне 2000 года был избран президентом Брюссельского международного банковского клуба, основной целью деятельности которого является развитие сотрудничества между финансовыми институтами и организациями стран ЕС и СНГ. В январе 2001 года Генеральным секретарем ООН Кофи Аннаном был включен в состав Комиссии ООН по вопросам финансирования в целях развития.

А. Я. Лившиц опубликовал свыше 150 научных работ, является автором 6-ти монографий, книг «Экономическая реформа в России и ее цена» и «Введение в рыночную экономику»; владеет английским языком; женат, имеет двух дочерей.